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Mit dem Befehl git rm geheim.jpg wird die Datei auch aus dem Arbeitsverzeichnis entfernt, also gelöscht. Um die Datei aus der Versionsverwaltung zu entfernen, aber auf der Festplatte zu behalten nutzt man git rm --cached geheim.jpg.
Falls die Datei nur aus der Staging Area entfernt werden soll, nutzt man git reset HEAD -- geheim.jpg